La variante Ómicron original, detectada en Sudáfrica en noviembre del pasado 2021, ha dado paso a un sub-linaje apodado “Ómicron silenciosa”. El origen de este nombre y sus particularidades han creado confusión acerca de nuestra capacidad para identificarla. Se ha llegado a decir que no es detectable por PCR ni por test de antígenos. Pero, ¿qué hay de cierto en esto?

Sub-linajes de Ómicron

La variante Ómicron original se ha diversificado en tres sub-linajes nombrados BA.1 (variante original), BA.2 (Ómicron silenciosa) y BA.3 (el menos extendido). Las tres variantes tienen 20 mutaciones en la proteína S con respecto al virus original de Wuhan. Además de ellas, tanto la variante BA.1 (Ómicron original) como la BA.2 (Ómicron silenciosa) tienen cada una 6 mutaciones exclusivas adicionales. En cambio, la BA.3 no porta cambios exclusivas en esta proteína.

No se han descrito aún diferencias en cuanto a la enfermedad causada por cada sub-linaje. En base a sus secuencias genéticas, no es esperable que muestren características radicalmente distintas. Sin embargo, no se puede descartar y es un aspecto que se debe supervisar.

Por qué el sub-linaje BA.2 es silencioso

El origen del apodo “silencioso” proviene del resultado que da una muestra de BA.2 en un test PCR. Para poder entenderlo, antes hay que explicar en qué consisten los test PCR. Una vez tomada la muestra de una persona, se somete a una prueba triple que detecta tres genes del coronavirus. Estos test dan positivo si, al menos, dos de las pruebas son positivas. Uno de los genes que se buscan corresponde con el de la proteína S, que es la que más cambia entre unas variantes y otras. De hecho, desde la variante Alfa (anteriormente llamada “británica”), esa prueba da negativo. Sigue siendo detectable porque las otras dos pruebas dan positivo. Esto se acuñó como “test fallido del gen S” (o SGTF, por sus siglas en inglés). El SGTF ha servido para estudiar la expansión de las distintas variantes (como Delta u Ómicron) cuando han sido variantes predominantes.

El sub-linaje BA.2 no tiene las mismas mutaciones que el BA.1, como se ha dicho antes. De hecho, a diferencia de la BA.1, las tres pruebas del test PCR dan positivo en BA.2. Es decir, no ocurre un SGTF. Esto induce a pensar que no se trata de Ómicron al analizar solamente por PCR la muestra. Desde ese anonimato, se ha extendido sigilosamente hasta que Dinamarca lo secuenció. El origen aún no está esclarecido.

Detección por PCR y test de antígenos

El sub-linaje de la Ómicron silenciosa se detecta por PCR, como se ha explicado anteriormente. La única diferencia a la hora de detectarla en comparación a la Ómicron original es que las tres pruebas del test PCR dan positivo. El apodo “silenciosa” no implica que dé negativo o sea indetectable. Del mismo modo, los test de antígeno convencionales son válidos para todos los sub-linajes de Ómicron. Apenas hay diferencias entre los tres tipos de Ómicron en cuanto a la proteína N, que es la diana de los principales test de antígenos.